是宫崎骏的又一力作，讲述的是，金鱼姬是一条活泼好动的小鱼，一次偶然的机会，它在涨潮时被冲进了玻璃瓶中无法脱身。此时，刚好来海边度假的男孩宗介路过，帮它解困，从此人鱼相识。宗介把金鱼抱回家里喂养，一起玩耍，感情甚笃。由于海员父亲终日出航，宗介只得跟母亲相依为命，这让他的性格孤僻自闭，甚至对长辈也不理不睬。但 宗介是，遇到金鱼姬后，宗介逐渐改变了对生活的冷漠态度，这也让他慢慢修复了性格中的缺陷。在宗介用石头把玻璃瓶敲碎时，弄破了手指，金鱼姬沾染到了人类的血，后来飘回了大海之中。原来海洋中还有另外一个世界，那里有个操控水文环境的古怪男子藤本，因为发现了人类污染环境的丑陋，所以自造了另一个水中世界。他发现金鱼姬沾染了人气，正准备用魔法将它打回原形，却事与愿违……

月亮，圆圆的，如银盘一样高挂在空中。月光下，忙碌了一天的人们已经进入了梦乡。可在远离陆地的大海深处，却是又一番景象：海洋中的生物们在自己的世界里纵情驰骋、争奇斗艳。一个红发男子站在带有巨大彩色泡泡的飞鱼潜艇上喂着围在他周边的水母以及其他鱼类，并用灯光指挥着水中的生物。潜艇的舷窗打开了，悄悄地，从里面探出了一个红红的脑袋，圆圆的脸上，一对大大的眼睛调皮地探询着周围，忽然，从舷窗内一跃而出。哦，是一条可爱的人面鱼。人面鱼摇曳着她红红的裙子，躲开她父亲藤本--那个红发男子的视线，快速地离开潜艇，钻到了一个水母下面，水母带着她又骑到一个巨形水母的背上……

日出时分，水母载着人面鱼浮上了水面。一觉醒来的人面鱼睁开眼睛，就看到了一座建在海边悬崖上的房子：红红的房顶在绿色植物的包围中更是显眼。忽然，人面鱼的眼睛瞪得更大了：她看见一个小男孩从房子里走了出来。“宗介，马上要回来哦。”一个年轻女子的身影出现在窗口。“大概是他的妈妈在嘱咐他吧？”人面鱼暗暗想着。“那小男孩叫宗介？他要去干什么呢？”正琢磨着，一艘船驶了过来。为了逃生，人面鱼和水母失散了。人面鱼没逃多远，便随着浅海海底的各种垃圾一同被船的拖网拉了进去。又很不幸地被一只玻璃瓶罩住了脑袋。任凭她怎么挣扎，都徒劳无功。人面鱼只能顶着玻璃瓶逃出渔网。

人面鱼用尽全力向岸边游去，不一会儿，她就精疲力尽了。还好，她遇到了宗介，他是来这里玩他的模型小船的。看到海滩上那个奇怪的玻璃瓶，宗介捡了起来，忽然，他惊奇地瞪大了眼睛：“是金鱼！”鱼被卡在瓶子里一定很难受吧？该怎么救她呢？宗介只能用石头将瓶子砸裂，然后小心翼翼地捧起那条鱼，“死了吗？”他自言自语。没想到一动不动的金鱼忽然伸出舌头，将宗介在砸瓶子时不小心弄流血的手舔了一下。“还活着！”宗介高兴万分。他捧着鱼和小船快步跑回家中，将鱼放到了水桶中。无意中，宗介发现这条鱼还有着神奇的魔力：自己手上被她舔过的伤口居然愈合了！他很快喜欢上了调皮可爱的人面鱼，并给她起了个好听的名字——波妞。

宗介把波妞带到了妈妈理纱工作的老人院——向日葵之家。看到宗介带来了新朋友，老人们都高兴得眉开眼笑。唯独时奶奶觉得波妞是个不祥之物：“人面鱼一旦上岸后，就会有海啸，很久以前就有这种说法。”她还在不住地叨叨，波妞不高兴了，她不客气地对着时奶奶喷了一口水，把时奶奶吓得一激凌。又闯祸了！宗介提起水桶就跑，一直跑到大海的礁石旁，他低头对波妞信誓旦旦：别担心，我保护你。“宗介。”忽然，波妞开口说话了。宗介惊奇地睁大了眼睛。“波妞，宗介，喜欢。”波妞说完，在水桶里翻着跟头。“我也喜欢你。”宗介开心地笑了，不远处，一个红红的脑袋正盯视着他们。原来是波妞的父亲藤本。

自从女儿失踪后，藤本焦急万分，几经周折，才探明她原来上了岸。为了救回女儿，藤本不时寻找着机会，现在，机会终于来了。藤本用魔法变出了海浪，上岸卷走了波妞。

波妞走了，宗介整天闷闷不乐。回到海里的波妞也同样不开心。她怀念与宗介相处的时光，拒绝父亲给她的食物，并对父亲嚷嚷着要吃火腿，要变成人类。藤本闻言大惊，原本也是人类的藤本出于对自己原先同类的偏见决意出手阻止。因为波妞舔过宗介手上的人血，所以她的身体开始有所变化。当波妞欢呼着：“手出来了，脚也出来了！”藤本惊慌失措，他紧紧按住罩着波妞的泡泡，口中不住念着咒语，终于，将波妞变回了原形。但是，藤本知道，他只能暂时控制局面，他必须要请回波妞的母亲——海洋之母，才能维持以往的平静。

被禁锢在泡泡中的波妞在咒语的作用下熟睡。她的弟弟妹妹们趁父亲离开的当口来到波妞身边，用集体的力量唤醒了波妞。醒来的波妞迅速长大，并重新长出了手和脚。“我要去宗介那里。”她告诉弟妹们。可出路被海浪堵住了。在与海浪的周旋中，波妞的出逃之路变成了引出灾难之路。

狂风裹携着暴雨扑向大地，巨浪凶猛地拍打着堤岸，并不断地涌上陆地。风雨中，理纱带着宗介驾车踏上了回家之路。忽然，宗介发现在浪尖上，有一个小红点在追逐着他们。当理纱把车开到自己家门前时，宗介才发现，那个小红点原来是波妞。“波妞变成小女孩回来了！”两个小不点兴奋地拥抱在了一起。

人类的生活对波妞来说，一切都是新鲜的。她瞬间喜欢上了这个家。吃完饭后，波妞睡着了，海面也渐渐平静了下来。理纱不放心老人院的老人们，决定独自驾车回向日葵之家。目送着妈妈驾车远去，宗介才回到波妞的身边。两个小孩在沙发上睡着了。追寻而来的藤本透过窗户看到波妞已经变成了人类，不禁大惊失色。这时，一道七彩光芒从海面上划过，是海洋之母回来了！藤本忙回到飞鱼潜艇上，向海洋之母坦陈了自己的担忧：“波妞随便乱用魔法，在世界上开了个大洞，她根本不知道自己在干什么，还变成了人类，这样下去，世界会毁灭的呀！”“直接把波妞变成人就好了。只要男孩不变心，波妞就可以失去魔法变成人。”海洋之母的提议让藤本吃惊不小，“但是那个方法失败的话，波妞就会变成泡沫的。”“我们原本就是从泡沫繁衍而来的。”海洋之母坦然豁达。

波妞和宗介醒了。屋外，蓝天白云，海面异常平静。只是，平静的海面上，只有宗介的家孤零零地矗立在海面上。周围的一切都被淹了，理纱不知道怎么样了?宗介担心着妈妈的安危：“有船就好了。”他自言自语。“有船啊！”波妞指着宗介的那艘小小的模型船，她用魔法将模型船变大，然后，和宗介一起将那艘船放到了水中。带上了食物和水，两个人出发了。

一路上，波妞和宗介看到了正向山上旅馆转移的人们。在大家的脸上，看不到灾后的沮丧，有的只是相互的理解和帮助。

宗介看见理纱的车了，可是，却不见她的人影。宗介急得哭了起来。

被海水淹没的公路上，有一个偌大的泡泡，向日葵之家被包裹在其中。原本坐在轮椅上的老人们都快步如飞地在泡泡中欢呼雀跃，看着泡泡外的海洋动物，高兴得像孩童一样。

宗介和波妞一路走来，在穿越一个山洞的时候，意外发生了，波妞又变回了鱼，而且，还昏了过去。宗介急忙跑出山洞，把波妞重新装回水桶里。正伤心地呼唤着波妞，藤本出现了。他让宗介和波妞跟自己一起到泡泡中去，站在亭子里的时奶奶见状忙告诉宗介，藤本是在骗他们。为了救宗介，时奶奶和宗介、波妞一起掉入了海水中。

一群红红的小鱼蜂拥而来，将时奶奶和宗介他们送入了泡泡中。海洋之母在了解了宗介的心迹后，便收回了波妞的魔法，并将她收在掌中的泡泡里，交给了宗介：“你回到陆地后，只要亲吻她一下，她就会变成一个和你一样5岁的女孩子。”与大家道了别后，海洋之母带着她的孩子们离开了这里。

海水已经退去，一切都恢复了原样。老人们回到了陆地上，藤本把宗介的模型船亲自交到了他的手上，两个人握手言和。波妞的泡泡与宗介相吻后，终于变成了一个小女孩。

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